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　高井神島へのアクセスは定期航路である魚島航路（ニューうおしま航路）のみとなります。魚島航路を利用するためには土生港または弓削港での乗船が必須となりますが、アクセスの詳細は上島観光協会の上島町への行き方をご参照ください。また、魚島航路の料金表および時刻表については上島町公式ホームページからご確認ください。

魚島航路

　高井神島と島外とを結ぶ唯一の定期航路であり、高井神島の生活を支える生命線です。高井神島と島外とを結ぶ定期航路が開設されたのは1924（大正13）年。開設当時は高井神港から弓削港まで約２時間かかりましたが、現在では最速30分弱にまで短縮されています。また、1996（平成８）年には航路が土生港まで延長され、因島と最速40分弱で結ばれたことにより、因島までが高井神島の日常生活圏内となりました。現在航行中の船舶は2004（平成16）年に就航したニューうおしま２。同船にはテラス席が設置されていますので、晴天の日には360度に広がる瀬戸内海の多島美を堪能することができます。高井神島が近づいてくるとカラフルなマンガ壁画が目に飛び込んできますので、海上から高井神島の景観をお楽しみください。

高井神港務所

　高井神港に降り立った際に真っ先に目に入る建物であり、高井神島と島外とを結ぶ交通の結節点です。屋上に掲げられた「ようこそ高井神へ」の文字を船上からご覧になりながら、これから島内を巡る楽しみを募らせてください。港務所内には島内唯一の自動販売機のほか、テレビ、長椅子、扇風機、エアコン、シャワートイレ、公共Wi-Fiが設置してあり、乗船待合室としてだけではなく、休憩スペースとして利用することができます。島内を観光して一息つきたいとき、室内でゆっくりしたいときなど、用途に合わせてご利用ください。また、港務所外壁には高井神島の観光マップが掲示されていますので、島内探索についてはそちらをご参照ください。なお、開館時間は定期航路の離発着に合わせておりますので、概ね午前７時から午後７時４５分までとなっています。